,郑芝龙跟荷兰人合作了不到一年,便离开荷兰人开始单干。
数月后,李旦去世,郑芝龙接受了李旦的财产和势力,随后郑芝龙从福建招徕郑兴、郑明、郑彩、杨耿、陈晖等部将,成为一方海盗首领。
李旦死后,东南沿海最大的海盗势力共有三支,一支是盘踞在日本的李旦之子李国助,一支是盘踞在台湾的颜思齐,还有一支是许心素,大本营在福建。
郑芝龙抛弃了郑森(郑成功)的母亲娶了颜思齐的女儿为妻,颜思齐无子,死后他所拥有的财产和舰船为郑芝龙所得。
颜思齐死后,郑芝龙重新联络了一众海盗首领,结为十八芝,并从此改名郑芝龙,郑芝龙被众人推为盟主。
十八芝的成员分别为:郑芝龙、杨天生、施大瑄(施琅的父亲)、杨六,杨七,钟斌、李国助、刘香、李魁奇、洪旭、甘辉、何斌、郑芝虎、郑芝豹、郑芝莞、郑芝凤、郭怀一、陈衷纪。
其中李天生和陈衷纪后来死于李魁奇之手,何斌和郭怀一后来则投靠了荷兰人。
由于郑芝龙深知内地虚实,又熟悉海外贸易,海盗同盟在沿海一带纵横往来无人可敌,成为东南沿海最大的武装集团。
天启六年,福建大旱,郑芝龙利用这个机会,率领船队袭击福建沿海各地,并击败金门和福建的官兵以及许心素海盗集团,这一来郑芝龙声势更盛。
在福建饥荒之时,郑芝龙还从泉州招抚了数万饥民到台湾垦荒,沿海饥民和无业者也竞相投奔。
眼见无法消灭郑芝龙,明廷无奈只好招抚。
但郑芝龙的弟弟在见了泉州知府之后觉得朝廷没有诚意,便鼓动郑芝龙离开泉州,朝廷第一次招抚郑芝龙失败。
实际上郑芝龙不光跟大明为敌,对荷兰人也同样不放过,屡屡打劫荷兰人的商船,天启七年,驻台荷军跟郑芝龙发生战争,结果荷兰人大败。
崇祯即位后,再次招抚郑芝龙,这次福建巡抚熊文灿终于成功将郑芝龙招降。郑芝龙被授予海防游击,任五虎游击将军。
崇祯元年,福建又遭大旱,郑芝龙在熊文灿的支持下,每人给银三两,三人给牛一头,再度招纳饥民数万人赴台,安置饥民在台湾定居。应该说,郑芝龙是台湾历史上组织大规模移民的第一人。
郑芝龙接受招安以后,原先跟他一起出生入死的刘香等人心有不甘,把自己的人马拉出去继续干海盗的营生。
而十八芝势力最强的海盗首领李魁奇以及钟斌,杨六,杨七等人也跟郑芝龙反目。
在几次对李魁奇作战失利以后,郑芝龙答应荷兰人的条件,让荷兰人帮着他对付李魁奇等人,在荷兰人的帮助下,郑芝龙先后击败了李魁奇,杨六等部,整合了这些海盗势力。
但是由于郑芝龙无力达成跟荷兰人私下议定的条约,荷兰人跟郑芝龙反目,跟刘香勾结起来,在一段时间内对郑芝龙造成了很大的威胁。
崇祯五年,郑芝龙部与刘香的船队在福州附近遭遇,双方发生激战,刘香败退。
次年荷兰人为迫使大明开放贸易,企图用武力强占东南沿海,在刘香的帮助下,向厦门的郑芝龙部发动突袭,歼灭郑芝龙主力战舰二十余艘。
厦门海战失败后,明廷官员采取息事宁人的态度,找人跟荷兰人疏通,希望荷兰人不要再伤害百姓,但被荷兰人回绝,并准备再度向郑芝龙发起进攻。
得知这个消息后,郑芝龙重整舰队,誓师出征,不久在澎湖与荷军遭遇,焚毁荷兰船只一艘,生擒将领一名,溺死荷军数百。
随后双方在金门料罗湾展开大战,郑芝龙报仇心切奋勇当先,大败刘香荷兰联军。
经此一战,郑芝龙声势大振,荷兰军只好放弃与刘香的合作,改为跟郑芝龙修好,并表示以后不再前往福建寻求跟大明的贸易往来,由郑芝龙派船到台湾进行贸易。
郑芝龙也不愿长期树敌,很快答应了荷兰的条件。
崇祯七年三月,刘香不满荷兰人跟郑芝龙修好,率部趁夜袭击荷兰人的城堡(即热兰遮城),因被哨兵发现,袭击失败,刘香连夜逃离台湾。
次年刘香在广东被郑芝龙击溃,刘香引火**。此役中,郑芝龙最疼爱的弟弟郑芝虎战死。刘香死后,东南沿海终于恢复平静,原来害怕海盗伏击的中国商船开始源源不断地驶往台湾,每月均有二三十艘商船到达台湾。郑芝龙在取得制海权之后,随即利用官方身份合法掌控东西洋贸易,凡是途径东南沿海的各国商船,均需经过郑芝龙的同意方能进行贸易。